Dando continuidade às peripécias de Alfas: as melhores entre as melhores, as três garotas-prodígio – Charlie, Skye e Allie – se deparam com novos problemas que ameaçam seus lugares na Academia Alfa. Charlie passa grandes apuros para provar a Shira seu mérito como uma Alfa high-tech e tenta abrir mão de sua paixão por Darwin ao aproximá-lo de Allie; Skye tem dificuldades para que Mimi, sua professora de dança, reconheça seu talento, além de estar dividida entre dois dos filhos de Shira; Allie, por sua vez, é desmascarada por tentar se passar por uma famosa cantora folk e precisa correr contra o tempo.