Após ficar órfã, Mary Lennox vai morar na Inglaterra com seu tio viúvo. A mansão tem quase cem quartos e seu tio se mantém trancado lá. Os jardins que cercam a grande propriedade despertam a curiosidade de Mary. Ao decidir explorá-los, a órfã descobre um jardim secreto, cercado por muros e trancado com uma chave perdida. Com a ajuda de dois companheiros, Mary descobre como trazer o jardim de volta à vida.