José das Dornas, lavrador abastado de uma área rural portuguesa do século XVIII, tem dois filhos: Pedro, trabalhador e seu sucessor nos negócios, e Daniel, sonhador e alheio às preocupações do pai com seu futuro. Acatando a sugestão do reitor da paróquia local, Daniel é enviado para o Porto, de onde volta anos depois, formado em medicina e com ideias liberais que vão conflitar com a mentalidade conservadora da aldeia. Ao retornar, sua vida cruza com as de Margarida e Clara, duas órfãs entregues aos cuidados do reitor, e as desventuras amorosas envolvendo Daniel, Pedro e as irmãs vão movimentar a pacata cidade. As pupilas do senhor Reitor evidencia o confronto entre dois mundos: um conservador, beato, machista e outro mais livre, laico, constitucional. Assim, temos uma trama que, além de nos servir de base para compreender certo passado, dialoga com o presente de maneira substancial.