O regime autoritário português promoveu uma transformação significativa no relacionamento institucional do Estado com as Igrejas, especialmente com a Igreja Católica, que decorreu de novas soluções tentadas para a organização do Estado, fruto de conflito político e de disputas de interesses que se estenderam ao longo da ditadura. As opções tomadas afloraram no direito público, em geral, e no direito constitucional, em particular. Determinaram também dinâmicas exclusivamente políticas, e estas foram, em certo sentido, um complemento ao enquadramento normativo do fenômeno religioso. Pela soma destes elementos, durante o Estado Novo foi inaugurada e consolidada uma fase de alterações importantes na interação entre a política e a religião, à qual se pode chamar a segunda separação. Este período entra em oposição intencional à primeira experiência de separabilidade, que decorreu entre os anos de 1910 e 1933, desenvolvendo um novo paradigma jurídico, político e cultural que permitiu considerar as confissões religiosas como realidades autónomas, com necessidades próprias, ainda que condicionadas e submetidas aos interesses gerais da sociedade, pelo que se justificava que a regulamentação dos seus direitos fosse imposta por parte do ordenamento do Estado. Este paradigma de separação apenas em democracia foi revisto e atualizado, quando o ordenamento português assumiu uma visão centrada no reconhecimento e proteção dos direitos fundamentais do cidadão, e, nessa esteira, se harmonizou com uma acepção ampla e sem restrições da liberdade religiosa.